Bazillus Minimus ist ein Minispiel aus Banjo-Tooie, das sowohl allein als auch im Mehrspieler-Modus spielbar ist. Zuerst muss der Spieler das Minispiel im Wolken-Wonneland freispielen, wo er mit Kazooie in eine große Mülltonne gehen muss. In der Mülltonne trifft Kazooie dann auf Muffo, der sie bittet, die Bazillen in der Mülltonne zu beseitigen, da er ansonsten Probleme bekommt.
Im Minispiel muss Kazooie dann verschiedenfarbige Bazillen mit dem Move "Kazoo-Fu" beseitigen. Eine rote Bazille ist einen Punkt wert, eine grüne Bazille ist 2 Punkte wert und eine blaue Bazille ist 3 Punkte wert. Schafft es Kazooie in 60 sekunden 50 Punkte zu erreichen, ist ihre Belohnung ein Puzzlo.
Nachdem das Minispiel im Wolken-Wonneland freigespielt wurde, kann man es im Hauptmenü unter "Wiederholung - Minispiele" nochmals spielen. Auch im Mehrspieler-Modus ist es spielbar, hier gelten die Regeln, wer nach Ablauf der Zeit am meisten Punkte gesammelt hat, ist der Sieger.