Jolly Roger's Lagoon è il quarto livello di Banjo-Tooie. Il livello è una piccola città che si affaccia su una laguna molto profonda; le cui profondità raggiungono Atlantide e la dimora del Conte Ke Kaz Kaz. Il sindaco della città è Jolly Roger, proprietario del "Jolly's". Nel livello ritorna il Capitano Blubber, di Treasure Trove Cove.
L' entrata per la laguna si trova sulla scogliera dell' Isola delle Streghe.